In de Entree bevindt zich de informatiebalie en de museumwinkel.
Hier hangt ook een touchscreen met de kaart van Nederland. Daarop zijn alle steden en dorpen aangeven waar een joodse gemeente is geweest, of nog is, en hun geschiedenis.
In de filmzaal wordt een introductiefilm over het joodse leven in de provincie, de mediene, getoond. Het is aan te bevelen het museumbezoek te beginnen met deze film.
Centraal in de vaste opstelling staat een maquette (schaal 1:10) van de synagoge met het oorspronkelijke interieur. In de negen monitoren er omheen vertelt opperrabbijn B. Jacobs over het interieur, de gebruiken en rituelen in de synagoge.

Op de plaats waar eens de zitbanken in de synagoge stonden, staan nu familiezuilen met luisterhoorns. Hier maakt u kennis met acht joodse families die in Elburg hebben gewoond (gemiddeld 3 minuten).
Op de plaats van de Heilige Arke is doorlopend een documentaire (20 minuten) te zien over het herdenken van de verdwenen joodse gemeente van Elburg en het huidige joodse leven in de mediene.
Onder de filmprojectie bevindt zich een langwerpige vitrine met objecten en uitleg over het joodse leven thuis.
Op het beeldscherm wordt uitleg gegeven over de rol van de vrouw in het Jodendom.
Onder de vrouwengalerij bevindt zich de Feestdagenvitrine met voorwerpen die een functie hebben bij de viering van Sjabbat en de joodse feesten.
Via de touchscreens wordt uitleg gegeven over de objecten en de feesten.
De kleine ruimte is voorzien van attributen die gerelateerd zijn aan de joodse opvoeding. Kinderen kunnen er o.a. met sjablonen hun eigen naam in Hebreeuwse letters schrijven. Voor de oorlog vormde deze ruimte de entree naar de synagoge. De vrouwen gingen via de trap naar de vrouwengalerij, de mannen betraden via een deur de benedenruimte van de synagoge. Er is geen lift naar de vrouwengalerij. Het beeldscherm in het portaal geeft een impressie van de galerij.
De vrouwengalerij is geheel gewijd aan belangrijke overgangen in het leven van joden: van de wieg tot het graf.
Op twee beeldschermen kan een virtuele tour over de joodse begraafplaats van Elburg worden gemaakt.
De vroegere consistorie van de synagoge is gewijd aan de Tweede Wereldoorlog.
Naast de vaste opstelling zijn er jaarlijks meerdere wisseltentoonstellingen te zien over uiteenlopende, aan de doelstelling van het museum gerelateerde, onderwerpen.

Inrichting museum

De inrichting van Museum Sjoel Elburg is tot stand gekomen met medewerking van DJO Ontwerpers Den Haag en Cultuurproject Apeldoorn.